Wieś Haczów powstała około połowy XIV wieku, a tutejsza parafia istniała już w roku 1388. Trudno jednak stwierdzić, jak długo trwała organizacja tej parafii i jaki kościół mógł się w tej wsi znajdować w pierwszej połowie XV wieku. Obecny kościół powstał pod koniec lat pięćdziesiątych XV stulecia: badania dendrochronologiczne drewna wykorzystanego do jego budowy wskazały, że świątynię wzniesiono z drewna jodłowego, z drzew, które ścięto w latach 1458-59, a które wówczas miały ponad 100 lat. Budynki drewniane wznoszono wówczas z drewna surowego niesezonowanego, więc można uznać, że ten kościół zbudowano właśnie w 1459 roku. Najczęściej strop do kościoła zakładano w późniejszym czasie – tak było i w tym wypadku, ponieważ badania desek stropu wykazały, że pochodzą one z drzew ściętych w roku 1472. Z kolei próbki ze ścian dobudowanej zakrystii okazały się pochodzić z lat sześćdziesiątych wieku XIX.
Nie wiadomo, kto był fundatorem kościoła w Haczowie, ale sam Haczów był wsią królewską; co ciekawe, najprawdopodobniej ten sam warsztat ciesielski, który wzniósł kościół w Haczowie, zbudował także świątynię w pobliskim Iwoniczu, w roku 1464. Tradycja mówi, że kościół w Iwoniczu ufundował sam król Kazimierz Jagiellończyk – być może zatem oba te kościoły były fundacją samego króla?
Wiemy, że w roku 1624 Haczów został zniszczony przez najazd tatarski – w dawnej literaturze zakładano, że obecny kościół w Haczowie powstał po tym właśnie najeździe, przez co był określany jako zabytek XVII wieczny. Tymczasem w XVII stuleciu dokonano jedynie przebudowy istniejącego kościoła: dobudowana została wieża-dzwonnica, podcienia zwane sobotami, wieżyczka-sygnaturka, a także wycięto nowe okna. Jak zauważył Piotr Łopatkiewicz, datowanie tych zmian na rok 1624 wydaje się być nieco zbyt wczesne; natychmiast po najeździe tatarskim, wobec zniszczeń, które dotknęły wieś, parafianie najprawdopodobniej nie dysponowali środkami na prowadzenie przebudowy kościoła. Tymczasem kilka lat później, w 1631 roku, król przekazał parafię w Haczowie mansjonarzom krośnieńskim, ci zaś posiadali majątek pozwalający na podjęcie prac architektonicznych, zatem zapewne dopiero po 1631 roku ruszyła przebudowa kościoła w Haczowie.

Niestety, trzeba powiedzieć, że w pierwszej połowie XX wieku bezpowrotnie zniknęły z małopolskiego krajobrazu liczne zabytki drewniane, nawet nie w wyniku zniszczeń wojennych czy pożarów, ale po prostu w efekcie rozbiórek, gdyż stare kościoły zastępowano nowymi, murowanymi. Niewiele brakowało, a taki los spotkałby także drewniany kościół w Haczowie. Po wojnie wybudowano tu nowy kościół, w którym nabożeństwa odbywają się od 1948 roku, a stary kościół został opuszczony,
i usunięto z niego posadzki. W połowie lat pięćdziesiątych okna były powybijane, a do teoretycznie zamkniętego kościoła każdy mógł wejść przez otwór w ścianie dzwonnicy. To właśnie wtedy odkrycie późnogotyckich polichromii uratowało kościół od zagłady.
Jesienią 1955 roku do Haczowa przybył późniejszy profesor historii sztuki, Jerzy Gadomski, wraz ze swym stryjecznym bratem Stanisławem Gadomskim, artystą grafikiem.

Kościół w Haczowie to najstarszy, największy i najlepiej zachowany w Europie gotycki kościół drewniany wybudowany w konstrukcji zrębowej. Jest to także jedyny zabytek drewniany na ziemiach polskich, w którym zachowały się malowidła figuralne z XV wieku.
Kościół zbudowano z drewna jodłowego, na kamiennej podmurówce, w konstrukcji zrębowej, czyli takiej, gdzie poziome bale składające się na ściany zachodzą na siebie w narożnikach „na zakładkę”, dzięki odpowiednim wycięciom – tak konstruowane budowle wznoszono bez użycia gwoździ. Nawa ma rzut zbliżony do kwadratu, prezbiterium jest nieco od niej węższe i od wschodu zamknięte trójbocznie. Łączna długość nawy i prezbiterium wynosi ponad 25 metrów. Wnętrze nakryte jest stropami, w nawie strop posiada zaskrzypienia; konstrukcja wyglądająca jak podwieszone skrzynie to przedłużone bale górnej części bocznych ścian prezbiterium, stanowiące oparcie dla więźby dachowej, wspólnej dla całego kościoła (i nawy i prezbiterium).