Brunary Wyżne lokowane zostały na prawie niemieckim przywilejem króla Kazimierz Wielkiego z 1335 roku, danym Danielowi Jaszkowi. Powtórna lokacja wsi, już na prawie wołoskim, miała miejsce w 1547 roku, dokumentem wystawionym przez biskupa Samuela Maciejowskiego Danielowi Jaśkowskiemu (potomkowi Daniela Jaszka). W 1641 roku biskup krakowski,Jakub Zadzik, potwierdził lokację, zatwierdzając jednocześnie Macieja Bodniewicza na prezbitera cerkwi w Brunarach, zezwalając mu na utrzymanie wikarego oraz przyłączając do parafii w Brunarach cerkwie w Piorunce i Czarnej. 

Istniejąca świątynia została zbudowana w XVIII wieku, na miejscu starszej. Jest drewniana, konstrukcji zrębowej, orientowana sanktuarium na wschód. Zaliczana jest do cerkwi typu zachodnio-łemkowskiego, z izbicową wieżą konstrukcji słupowej w zachodnim masywie. Obecny kształt budynku to efekt gruntownej przebudowy, która miała miejsce w latach 1830 – 1831. Do tego wydarzenia odnosi się cyrylicki napis na zachodniej ścianie sanktuarium, nad portalem carskich wrót, o treści: „TEN DOM BOŻY ROKU BOŻEGO 1830 ZA PANOWANIA NAJJAŚNIEJSZEGO DOBROCZYNNEGO I W CHRYSTUSIE ULUBIONEGO CESARZA FRANCISZKA I: ŚWIĘTOBLIWEGO POWSZECHNEGO SŁUGI ARCYBISKUPA PIUSA VIII – PAPIEŻA RZYMSKIEGO PRZEŚWIĘTEGO /…/” Świątynię znacznie wówczas powiększono. Mimo, że zachowała ona w ogólności charakterystyczny, trójdzielny, osiowy układ, znacznie wyróżnia się sylwetką na tle innych cerkwi w regionie. Jej bryła jest znacznie wydłużona horyzontalnie, jednak akcentowana trzema wydatnymi, barokowymi hełmami, o płynnej gradacji wysokości (rosnąco ku zachodowi), posadowionymi na brogowych (stożkowych) dachach z niskimi załomami. W zwieńczeniu krzyże kowalskiej roboty. Połacie dachowe nad sanktuarium i nawą oraz ściany wieży pokryte są gontem. Jej izbica i tzw. zachata u podstawy oraz wszystkie ściany cerkwi oszalowane pionowym deskowaniem.