Lipnicki kościółek jest jednym z najsławniejszych zabytków Małopolski. Powstał pod koniec XV w., choć tutejsza tradycja łączy go z rokiem 1141, kiedy na miejscu gontyny (pogańskiej świątyni) miał stanąć właśnie ów obiekt. Dowodem na prawdziwość tych barwnych podań ma być podpierający od tyłu ołtarz główny tzw. słup Światowida, rzekomo z wizerunkiem słowiańskiego bożka. Kościół został wpisany na Listę UNECO w 2003 r. Dziś niewielka, bezwieżowa bryła kościoła pięknie wpisuje się w krajobraz. Strzegą jej potężne drzewa, wokół których przetrwały cmentarne mogiły. Sam kościół dotrwał do naszych czasów prawie w niezmienionym stanie, zachowując archaiczną gotycką sylwetkę. W XVII w. otoczono go jedynie sobotami (parterowymi podcieniami), a w XIX w. dodano portal zachodni. Otwarte soboty, nadające bryle tyle uroku, oprócz swych zwyczajowych funkcji (ochrony podmurówki przed zawilgoceniem i dawania schronienia pielgrzymom) służyły także do przechowywania trumien, nim złożono je do grobów na przykościelnym cmentarzu. Ten stary cmentarz, założony w 1711 r., dziś też wygląda bardzo malowniczo; zachowało się na nim wiele cennych nagrobków z XIX w.

Trudno nie zachwycić się wnętrzem kościółka: ascetycznym i pełnym szlachetności. Niewielkie okienka skąpo doświetlają pomieszczenia, a panujący tu półmrok sprzyja kontemplacji. W tak surowym, ubogim wnętrzu niezwykłe wrażenie robią polichromie ornamentalne i figuralne szczelnie pokrywające ściany i powały. Najstarsza dekoracja, stropów w prezbiterium (koniec XV w.) i w nawie (XVI w.), została wykonana za pomocą szablonów: motywy roślinne są w odcieniach zieleni, brązu, żółci i błękitu. Polichromie na ścianach prezbiterium pochodzą z XVII w., a w nawie z XVIII stulecia i przedstawiają różnorodne sceny z życia religijnego. Polichromowany jest również parapet chóru, na którym ludowe malowidła ilustrują Dziesięć Przykazań. Do niedawna wnętrze kościoła zdobiły trzy niezwykle cenne gotyckie ołtarze (z XV i XVI w.), które jednak skradziono. Kiedy udało się je odzyskać, umieszczono je w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie, w świątyni natomiast znalazły się ich kopie. Z wystroju wyróżnia się też malowana barokowa ambona z wyobrażeniami czterech ewangelistów. Kamienna płyta na środku nawy to wejście do zniszczonej przez powódź w 1997 r. krypty grobowej Józefiny i Antoniego Ledóchowskich, rodziców błogosławionej Marii Teresy i świętej Urszuli. W świątyni znajduje się też cenny pozytyw szkatulny – skrzynkowy instrument organowy, jeden z zaledwie siedmiu tego rodzaju w Polsce.